Az ELTE Környezettudományi Doktori Iskoláját 2005-ben alapították meg. Az első PhD hallgatók a 2006/07 tanév őszi félévében iratkoztak be. Ez az ELTE TTK hat doktori iskolája közül a legfiatalabb. A Doktori Iskola eddigi vezetői Kiss Ádám (2005-2012), Galácz András (2012-14), Jánosi Imre (2014-2020) és Turányi Tamás (2020- ) professzorok voltak. Napjainkban a Doktori Iskolának több mint 150 akkreditált tagja van (törzstagok, oktatók és témavezetők) és az aktív PhD hallgatók száma több mint 50. Ezen számok alapján az ELTE Környezettudományi Doktori Iskolája Magyarország hat környezettudományi doktori iskolája közül a három legnagyobb között van, a Szent István Egyetem és a Szegedi Tudományegyetem hasonló doktori iskolája mellett.

A Doktori Iskola szorosan együttműködik az ELTE Környezettudományi Centrumával, amely a ELTE Természettudományi Karon a BSc és MSc szintű környezettudományi oktatásért felelős. A Doktori Iskola napi irányítását a Doktori Iskola vezetője végzi a négy doktori program vezetőjével együtt. A legfőbb döntéshozó testület a Doktori Iskola Tanácsa.

A legjellemzőbb kutatási eljárás egy adott terület módszereinek alkalmazása olyan összetett, multidiszciplináris kutatási témákban, mint a vízminőség változása és a változások okainak felderítése, kockázatok elemzése és elhárítása különféle emberi és természeti környezetekben, megújuló energiaforrások kutatása stb. A PhD hallgatóink előnyére szolgál a szoros kapcsolatuk a különféle kutatóintézetekkel és környezetvédelmi hatóságokkal, ami azon alapul hogy az oktatóink és témavezetőink jelentős részének munkahelye egy egyetemen kívüli intézet. A PhD programunk iránt nagy a nemzetközi érdeklődés és évente jellemzően 13-15 külföldi hallgató kezdi meg tanulmányait a Doktori Iskolában.

A Doktori Iskola négy Programja erősen kutatásorientált. A hallgatóknak nem csak kurzusokat kell teljesíteniük, de elvárjuk tőlük hogy a kutatómunkájukat az első tanévük elején elkezdjék. Az első két évben a PhD hallgatók tantárgyakat teljesítenek és ugyanakkor kutatómunkát végeznek. Ezt a szakaszt a “complex vizsga” zárja, amelynek során tárgyi tudásról és a kutatómunka eredményeiről is be kell számolni. A rákövetkező két évben már csak kutatómunkát kell végezni. Minden tanév végén a PhD hallgatóknak be kell számolniuk az előrehaladásukról a kutatómunkájukban egy olyan belső konferencián, ahol az előadások nyelve az angol. Minden hallgatótól elvárjuk, hogy a tanulmányai végéig legalább két bírált cikket közöljön neves nemzetközi tudományos folyóiratban és legalább az egyik cikknek az első szerzője legyen. A PhD tanulmányok négy évét a doktori értekezés beadása és annak megvédése zárja le.